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银杏雌雄不难分辨，远观雄株主干与主枝间夹角小，短枝分布密，数量多，一般２ｃｍ～４ｃｍ，冠形较窄。雌株主枝、主干之间夹角大，有的枝呈平展状，短枝稀且数量少，一般长１ｃｍ～２ｃｍ冠形较宽展。近看雄株叶片中心裂缺深，多超过叶片中部雌株叶片裂缺极浅，不到叶中部。
雄株属“先花后叶”植物，在正常情况下，雄花比雌花早开放３天左右。雄花单生并集中呈轮状，分布在短枝的顶芽基部，而叶子在花的上部簇生，４月初伴随芽萌发后雄花开放，此时雄花短而粗，到４月中旬，雄花呈柔荑花序状，初为草绿色，熟时外皮黄色。银杏雌花与叶同放，花期为４月上旬，每个雌花在叶腋内单生，即每个新发出的叶腋基部均着生一雌花，一般每个短枝有雌花４～７朵不等。刚开放的雌花柄短且直立，顶端着生一二个胚珠呈绿色，花柄及胚珠不断延长，果实成熟时花柄下垂，柄的顶端一般有２个分叉。
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